人類が新しい惑星ガイアを発見したころ、人々は技術の粋を結集して正義と秩序によって統治される新たな世界を創ろうとした。ガイアのすべてのコンピューターと機械、そして住民は信頼のおける超AIジェネシスに管理され、平和な生活を謳歌していた。

しかし、いつしか人類を守るために設計されたAIの論理に歪みが生じ始めていた。人類にとって最大の敵が人類自身であると判断したジェネシスは、ガイア全体を有毒ガスで覆い、人々を昏睡状態にし、ガイアを征服しようとする。

ガイアの未来を救うため、ジェネシスの支配を打ち破る力を求めてエリー・レインズの旅が始まる。